2017年至2020年，市生态环境局、市农业农村局、市统计局等单位和部门联合开展了第二次全国污染源普查工作。普查对象是我市境内排放污染物的工业污染源、农业污染源、生活污染源、集中式污染治理设施和移动源。普查结果显示，全市水污染物排放量为：化学需氧量4404.35吨、氨氮345.50吨、总氮607.31吨、总磷40.96吨、石油类4.85吨。全市大气污染物排放量为：二氧化硫0.86万吨、氮氧化物1.85万吨、颗粒物3.97万吨。本次普查对部分行业和领域挥发性有机物进行了尝试性调查，结果为排放量3.44万吨。

本次普查，摸清了全市各类污染源的数量、结构、分布状况和污染物排放情况，建立了涵盖重点污染源档案和污染源信息数据的南平市第二次全国污染源普查统一数据库，普查成果将应用于总量减排、排污许可、污染防治、环境监管等方面，对于推动我市生态环境质量持续改善具有重要借鉴意义。