云南黄连山国家级别保护区处在滇东南和滇西南2个植物群落两栖纲的边缘地带，区域内微生物种群具备热带性、历史悠久性、过渡三大植物区系特性，产生了竖直遍布显著的热带丛林、山坡地热带雨林、湿性季风气候常绿阔叶林、山坡地青苔常绿阔叶林四种山林植被类型，绝大多数处在初始情况，产生了丰富多彩与众不同的绿色植物多元性。多种多样的生态环境保护创造了宝贵而丰富多彩的种群資源，据不彻底统计分析，截至2021年，黄连山自然保护区已经知道输导组织绿色植物240科1114属2863种(2012年至2021年发觉新纪录145种，国际级5种，国家级别4种，黄连山新记录136种)，在其中我国Ⅰ级珍稀植物有绿春苏铁、长蕊花木兰、喜马拉雅fm红豆杉木、日本东京龙脑香、毛多坡垒、伯乐相马等6种，在其中，绿春苏铁在我国仅绿春独有，其生态系统软斑遍布和储存详细；我国Ⅱ级珍稀植物千果榄仁、滇南风轻轻吹楠、云南省拟单性花木兰、鹅掌楸等20多种多样，自然保护区绿化植物丰富多彩，稀有独有绿色植物较多，具备关键的科学研究和经济价值。