新《办法》拓宽了内部审计的概念内涵，从原来的“独立监督、检查和评价本单位及所属单位财政收支、财务收支和其他经济活动的真实、合法和效益，以及本单位内部管理领导干部履行经济责任的行为”，增加了“内部控制、风险管理”等内容。
新《办法》强调了党组织对内部审计工作的领导，提出单位可以根据需要设立审计委员会或者审计工作领导小组；明确了应当设置总审计师的单位，指出内部审计应当在本单位主要负责人的直接领导下开展工作，重大事项应当向党组织报告，党组织根据工作需要可以要求内部审计机构报告内部审计工作情况。
新《办法》在原《办法》8个审计事项的基础上赋予内部审计机构更多职责，把“本单位及所属单位自然资源资产管理和生态保护责任情况”“网络安全和信息化建设情况”等6个事项纳入内部审计范围，进一步拓展了内部审计工作的广度深度。
新《办法》还增加了审计结果运用和审计机关指导监督两项内容，加强了内部审计发现问题的整改，增加了与教育、国资等相关主管部门协同推动内部审计发展的成熟经验以及南通开展优秀内部审计项目评选的特色做法和对口指导联系的制度要求，进一步强化审计机关对内部审计的指导监督工作。