与传统人工核销模式相比，跨关区转关自动核销模式实现了提效降费。过去，集装箱卡车从三明陆地港离开后到厦门口岸需要关员人工核销，并且车辆到达厦门口岸多是深夜，需要等待次日进行核销。如今，自动核销模式减少人工干预环节，24小时都可进行核销，每票可节省清关作业时长8小时以上，降低 甩柜 风险，同时每箱可节约物流合约成本300至500元。

为确保跨关区转关自动核销模式顺利开展，福州海关联合厦门海关成立专项工作组，制定联系配合机制，划定任务时间表，逐一解决参数设置、转关申报、舱单填报等跨关区转关直通技术难点。