第三版《指南》要求，新冠肺炎疫情发生后，所在的设区市，包括城区常住人口1000万以上的超大城市，应当在24小时内完成划定范围的区域核酸检测任务。需要时，可通过区域内协同支援予以保障；必要时，可申请全国支援。
第三版《指南》强调精准划定检测范围，将第二版《指南》中的“全员”修改为“区域”，区域大小由疫情防控需要决定。为适应奥密克戎等新冠病毒变异株传播速度快的特点，规定了划定范围的核酸检测应当在24小时内完成，进一步提高疫情“早发现”能力。为便于地方测算、准备检测力量，在充分总结西安、天津等地经验基础上，第三版《指南》对各地在24小时内完成核酸检测所需的采样人员数、核酸检测能力给出了明确测算指导。