《方案》分阶段提出建设目标。到2025年，全市重点农产品突出问题得到有效治理，农业标准化覆盖率达到50%以上，绿色优质农产品比重达到50%以上，省级例行监测合格率稳定在98.5%以上，群众满意度达到80%以上，适应“天府粮仓”和农业强市建设的农产品质量安全治理体系基本建成。巩固提升省级农产品质量安全监管示范市（县）和通江县国家农产品质量安全县（以下简称国家农安县）创建成果，支持巴州区争创第四批国家农安县，支持恩阳区、南江县、平昌县接续创建国家农安县。到2030年，全市禁用药物使用得到基本遏制，常规农（兽）药残留超标实现根本好转，农业标准化覆盖率达到70%以上，绿色优质农产品比重达到60%以上，省级例行监测合格率稳定在99%以上，群众满意度达到90%以上，基本实现农产品质量安全治理体系及治理能力现代化；成功创建国家农产品质量安全市，80%以上县（区）成功创建国家农安县。
《方案》提出开展5项行动，即开展源头治理行动、开展全链标准化行动、开展精细化监管行动、开展监测升级行动、开展社会共治行动。
在开展全链标准化行动方面，《方案》明确，到2025年，建成茶叶、蔬菜（食用菌）、中药材等经济作物标准化基地10个以上，水产绿色健康养殖“五大行动”骨干基地3个以上，部、省级畜禽养殖标准化场总数达到50个以上。同时，大幅提高优质农产品供给，建设绿色有机地理标志农产品超市、专卖店6个，建立销售专区、专柜6个。
在开展精细化监管行动方面，《方案》提出，到2030年，在农业产业强镇和现代农业园区核心区，整合农产品质量安全、园区建设、乡村振兴衔接资金等项目资金，建设乡镇星级监管服务站20个、标准化监管服务站40个，村级服务点80个。
在开展监测升级行动方面，《方案》指出，到2030年，力争建设1个区域性农产品检测中心。逐年提高监测密度，到2025年，各级定量抽检样品总量达到2批次/千人。