因为往返两岸的船只大多船龄长、吨位小，船上设备陈腐，再加上办理松懈，船只清洁状况遍及较差。1-8月份检疫两岸直航船只交通职工2961人次，经过自动申报和/或医学巡查发现流行症疑似病例11人，发现率0.37%，经实验室确诊4人，确诊率36.4%；截获医学前言生物19艘次，占入境两岸直航船只20%。
针对两岸直航船只“航程短、船龄长、吨位小、货品杂”的特点，漳州查验检疫局采纳多项办法加强对船只的清洁检疫、清洁监督、清洁处理，避免医学前言生物及病原体的传达分散。一是危险排查研判。经过“船只检疫办理系统”对两岸直航船只施行危险办理，重点对疫情疫病、食品清洁等方面进行监管；二是开展清洁监督，对清洁状况不良和可能导致流行症传达或许病虫害传达分散的要素提出改善定见；三是鼓舞自动申报。加强对船员以及船只代理的健康教育工作，请求船方发现船员体温体征反常时自动、及时报告；四是强化清洁处理，监督清洁处理部分做好船只医学前言生物特别是蚊媒的清洁操控计划和药品器械储备。